Chương trình 661 là nguồn kinh phí chủ yếu cho các hoạt động của Ban quản lý vườn quốc gia, Chương trình này thay thế cho Chương trình 327 từ năm 1999.

Ban quản lý vườn quốc gia tiến hành dự án "Hỗ trợ bảo tồn các sinh cảnh đất ngập nước tại vườn quốc gia Lò Gò - Xa Mát, huyện Tân Biên, tỉnh Tây Ninh". Mục đích của dự án nhằm tăng cường năng lực cho cán bộ vườn quốc gia nhằm bảo vệ tài nguyên đất ngập nước, nâng cao nhận thức về tầm quan trọng của các vùng đất ngập nước trong cộng đồng địa phương và đảm bảo tất cả các sinh cảnh đất ngập nước quan trọng trong vườn quốc gia sẽ được bảo vệ đúng mức. Dự án này được tài trợ bởi dự án bảo tồn vườn quốc gia Cát Tiên (cỡ nhỏ), tiến hành trong hai năm 2003 - 2004.

Ngân hàng phát triển châu Á (ADB) đánh giá đề xuất vay vốn phát triển nông thôn của Bộ NN& PTNT Việt Nam cho Dự án nước sạch Phước Hòa, dự án nước sạch lớn tại các tỉnh Tây Ninh, Long An, Bình Dương và Bình Phước. Một trong số các hoạt động của dự án là mở rộng hệ thống tưới tiêu của hồ Dầu Tiếng sang địa phận huyện Tân Biên, tỉnh Tây Ninh, bao gồm cả diện tích vùng đệm cho vườn quốc gia Lò Gò - Xa Mát. Điều này có thể sẽ có nhiều tác động ảnh hưởng đến vườn quốc gia, đặc biệt mật độ dân số tăng nhanh làm tăng áp lực lên tài nguyên thiên nhiên trong khu vực, nhất là tại vùng đệm của vườn quốc gia. Tuy nhiên, chương trình quản lý vườn quốc gia và vùng đệm của dự án sẽ phần nào làm giảm các tác động tiêu cực trên, các chương trình này dự kiến sẽ được thực hiện trong vòng 7 năm.